顯微鏡在不用的狀態下，用塑料袋包起來，然後在塑料帶裏放1~2包幹燥劑，幹燥劑一般都在旺旺餅幹裏或月餅的盒子裏，都有幹燥劑，顯微鏡在放到通風的環境下就可以了，物鏡鏡頭要定期擦。
工具顯微鏡是很精密的測量儀器，如果保養的不好，將會很大程度的降低其使用壽命和精度。以下是提供的的保養和維護建議

1、環境：
工具顯微鏡最好能夠放置在清潔幹淨的場所，但一般使用在機械工廠的機會很多，故應注意下列各點：
（1）一般照明不要超過必要的亮度。
（2）不會沾油汙的地點。
（3）灰塵少的地點。
（4）振動少的場所。
（5）不會發生溫度急劇變化的地點。

2、玻璃零組件：
玻璃零件應隨時保持清潔，不可沾上汙垢，否則生像不清晰而且降低測定精度。
（1）鏡頭：平時應該注意不要用手觸碰鏡頭，假若鏡頭表麵沾有手紋或油汙，可用鏡頭清潔劑或者用紗布浸濕酒精輕輕擦拭，如果不了解鏡頭者請不要隨意分解，些微的灰塵是不會影響測定效果。
（2）測量台座玻璃：放置測定物時最容易傷及此部的玻璃麵，故要特別注意。若沾上油垢或灰塵請用柔軟拭布擦拭。還有，對物透鏡及觀測透鏡之使用要十分注意。當從顯微鏡拆卸觀測透鏡時容易使顯微鏡的活動焦距沾上灰塵，故縱然不使用也要把觀測透鏡裝在顯微鏡上。

3、電氣零件：
工具顯微鏡必須使用較高壓的電流，假若接觸不良容易產生熱，易發生危險，所以必須隨時檢查，原則上主機必須接地。

4、消耗品及附件：

燈泡及電源保險絲是屬於消耗品，購置時應準備備品以利更換。附件則以測定台玻璃最重要，也須準備備品。